O enredo de Ômega acontece vinte e cinco anos após a conclusão das guerras do século XX narradas tanto no anime quanto no mangá. A encarnação da deusa Atena, Saori Kido ainda está na Terra enfrentando as forças do mal. Atena e seus cavaleiros se preparam para enfrentar inimigos renascidos na nova era na qual os protagonistas da obra original são reverenciados como Cavaleiros Lendários.
