A maioria das histórias giram em torno do estudante Lelouch Lamperouge, um jovem príncipe que na sua infância sofreu um atentado terrorista à sua casa, no qual morreu sua mãe e deixou sua irmã impossibilitada de andar e cega. Após isso ele teve que se mudar para um lugar chamado Área 11, que corresponde ao Japão depois de dominado pelo Império de Britannia, e recomeçar a sua vida. Alguns anos depois ele encontra uma garota misteriosa chamada C.C. que lhe dá um poder chamado Geass, que lhe permite dar ordens a qualquer ser humano, sendo impossível não obedece-las. E com esse poder ele resolve destruir o mundo em que vivia para construir um novo e mais gentil como idealizara sua irmã. A história se expande em diversos pensamentos filosóficos desde a paz forçada até a definição de justiça, discutindo as formas nas quais a sociedade atual se baseia e fazendo o telespectador pensar se o mundo onde vive é o certo.