O primeiro arco vai do episódio 1 até o 8, e conta a história de Simon, que acha durante suas escavações um tesouro diferente, um colar em forma de furadeira. Um Ganmen, que é um robô num formato cômico, sendo composto apenas de cabeça, braços e pernas, ataca a vila Jeeha, e então Yoko surge, combatendo o monstro. Simon leva Kamina e Yoko até uma grande face, que se revela um Ganmen em miniatura, para humanos. Kamina o batiza de Lagann, e Simon o pilota. A série segue adiante mostrando a jornada deles em busca do ponto de retorno dos homens-fera, para eliminar seu líder misterioso até então. No último episódio do arco, o Adeus, amigos, Simon e Kamina conseguem invadir o Daizangan, Ganmen gigante que guardava todos os Ganmen dos homens-fera. Lá também eles usam o ataque assinatura da série, o Giga Drill Breaker, mas infelizmente, por um ataque-surpresa, Kamina falece logo após a conquista do Ganmen gigante. Após isso, uma fase depressiva entra em ação na série, e é o segundo arco.