Segunda parte do NieR:Automata Ver1.1a. NieR:Automata conta a história dos andróides 2B, 9S e A2 e sua batalha para recuperar a distopia dirigida por máquinas invadida por máquinas poderosas. A humanidade foi então expulsa da Terra por seres mecânicos de outro mundo. Em um esforço final para recuperar o planeta, a resistência humana envia uma força de soldados androides para destruir os invasores. Agora, uma guerra entre máquinas e andróides continua… Uma guerra que em breve poderá revelar uma verdade do mundo há muito esquecida.