Primeiro anime da franquia Yu-Gi-Oh!. Depois de conseguir montar o Millennium Puzzle, um poderoso artefacto egípcio, o jovem Yugi Mutou divide agora o seu espírito com o de um antigo Faraó Egipcío. Com o passar do tempo, os dois estabelecem uma profunda amizade, e é o antigo Faraó quem toma conta do corpo de Yugi, sempre que este se vê em situações perigosas, na sua vida diária e nos duelos de Duel Monsters. Assim, em termos de protagonismo, o Trading Card Game divide o palco com a demanda dos dois Yugis na procura pelas memórias do antigo Faraó, cujo espírito reside no Millenium Puzzle. É em torno destes dois temas que se desenvolve toda a trama.