Yuuta Hibiki acorda no quarto de Rikka Takarada e percebe duas coisas: ele não tem memórias e ele ouve uma voz misteriosa chamando por seu nome de um quarto próximo. Logo ele acha um robô que se apresenta como Hyper Agent Gridman—atrás da tela de um computador. Para a surpresa de Yuuta, Rikka não consegue ouvir Gridman, nem ver os monstros pairando pela névoa que cobre a cidade. Outro monstro gigante se materializa na cidade e procede a destruí-la. No meio da confusão, Yuuta mais uma vez vai até o velho computador e se funde a Gridman. De repente ele aparece no de uma batalha e é forçado a lutar contra o monstro. Junto de Rikka e seu colega e classe Shou Utsumi, Yuuta forma a “Aliança Gridman” para derrotar monstros que aterrorizam a cidade e achar quem é responsável pela aparição deles.