Dois anos se passaram desde o ataque da CCG em Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido à crescente influência do GCC, os ghouls continuam sendo um problema, já que começaram a tomar mais cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG para sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Quinx Squad, pode dar ao CCG o impulso que precisam para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como seres humanos que foram submetidos a cirurgia para fazer uso das habilidades especiais de ghouls, eles participam de operações para erradicar as perigosas criaturas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio-ghoul, meio humano, que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, este jovem é mais do que parece, conforme as lembranças desconhecidas surgem em sua mente, lembrando-o lentamente da pessoa que ele costumava ser.
