A história se passa 2 anos após os eventos de Kamen Rider Kuuga. Uma nova série de misteriosos assassinatos começa na cidade de Tóquio. A polícia, que já suspeitava que pudessem ser Formas de Vida Não Identificadas como eram chamados os Grongis, inimigos de Kuuga, criaram o G3 System, um sistema de defesa que habilita um usuário a utilizar uma armadura de combate com poder suficientemente alto para destruir as criaturas.