Chemy, formas de vida artificiais criadas a partir da alquimia são libertadas de seus selos, e o poder para evitar a destruição do mundo é concedido a Hotaro Ichinose, um jovem que acaba sendo transferido para a escola de alquimistas onde conhece jovens que almejam se tornar os tais, realizando avanços em suas pesquisas em prol da harmonia e prosperidade. Assumindo o nome de Kamen Rider Gotchard, Ichinose seguirá seu grandioso percurso para recuperar todos os Chemy e se tornar amigo deles.