O ano é 1999. Morioh, uma cidade normalmente tranquila e pacífica, tornou-se recentemente um foco de atividades estranhas. Joutarou Kuujou, agora um biólogo marinho, viaja até a misteriosa cidade para conhecer Jousuke Higashikata. Embora os dois possam parecer estranhos à primeira vista, Jousuke é, na verdade, filho ilegítimo do avô de Joutarou, Joseph Joestar. Ao se conhecerem, Joutarou percebe que pode ter mais em comum com Jousuke do que apenas uma relação de sangue.