Sete anos após um grande desastre devastar a humanidade, a cidade de Kamitsubaki ergue um farol de ciência e prosperidade. Nas sombras, os Tesseractors se escondem — monstros que surgem das trevas humanas. Apenas as Witchling, cinco garotas com vozes mágicas, conseguem enfrentá-los. A cada nota, elas lutam para proteger a paz da cidade e curar um mundo ferido.