Endo impedido o Terceiro Impacto e salvando o planeta, NERV inesperadamente encontra-se sob ataque. Consciente da traição de Gendo, SEELE lança um ataque em massa em Tokyo-3, para concluir o Projeto de Instrumentalidade Humana a qualquer custo. NERV agora deve lutar seu adversário mais temível: a própria humanidade. The End of Evangelion serve como um final alternativo para os episódios finais de Neon Genesis Evangelion.