Cowboy Bebop acompanha Spike Spiegel (John Cho), Jet Black (Mustafa Shakir) e Faye Valentine (Daniella Pineda) enquanto eles formam um poderoso grupo de caçadores de recompensas se aventurando pelo sistema solar atrás dos criminosos mais perigosos do universo, como Vicious (Alex Hassell). Juntos, eles embarcaram em diversas aventuras mortais pela galáxia, encontrando todo tipo de figura e formando aliados e inimigos pelo caminho.