Existem criaturas das trevas e do mal que atormentam a noite, devorando qualquer ser humano infeliz o suficiente para ser pego em suas garras. Do outro lado está Hellsing, uma organização dedicada a destruir essas forças sobrenaturais que ameaçam a própria existência da humanidade. À sua frente está Integra Fairbrook Wingates Hellsing, que comanda um poderoso exército e passa a vida lutando contra os mortos-vivos. O vasto exército de Integra, no entanto, empalidece em comparação com sua arma definitiva: o vampiro Alucard, que trabalha contra sua própria espécie como um exterminador de Hellsing. Com seu novo servo vampiro, Seras Victoria, ao seu lado, Alucard deve combater não apenas monstros, mas todos aqueles que se opõem a Hellsing, sejam eles disfarçados de bem ou mal. Em uma batalha pela sobrevivência da humanidade, Hellsing Ultimate prova que as aparências não são tudo o que podem parecer, e às vezes a maior arma pode vir na forma do pior pesadelo de alguém.